研究哲学洋葱模型从2个方向来理解，准备研究方向的规划期是从外向内的考虑过程，具体实施研究的写作期是从内向外的实施过程。

我们首先要确定研究哲学立场，即有关知识的发展的假设和信念的哲学立场。实证主义、批判现实主义、解释主义、后现代主义、实用主义这五种里面选择其一，以便后期获得有效的数据收集和分析的策略。第二要采用演绎法、诱因法、归纳法来确定理论发展途径，做出合理的理论假设以便适用于研究结果。第三是设计研究方法论，研究方法论的选择是基于研究所需的数据和研究的目的，包括研究策略在内的整体考虑数据采集和分析的细则。可选择单方法定量、单方法定性、多方法定量、多方法定性、混合方法简单、混合方法复合等几种，决定了后续数据采集策略。可以选择单一方法(mono-method)、混合方法(mixed method)和多种方法(multi-method)进行研究。单方法只包括一种研究方法。混合方法是基于使用两种或两种以上的研究方法，一般是指使用定性和定量的方法。最后，多方法使用了更广泛的方法选择。第四选择研究策略，可以一种或多种研究策略，包括但不限于实验法、调查法、文献研究法、个案研究法、混合方法研究、人种学、行为研究、实地理论、叙事研究等。第五注意研究选择的时间范围，一般来说可以从横断面和纵断面来选择数据采集方式。第六是数据收集与分析的过程，包括一手数据和二手数据的解释，定性和定量数据中自变量和因变量的选择，包括所使用的技术工具和结构方程等，是整个研究哲学的核心部分。
在研究实施过程中，需要一边整理数据结果，一边写作有关哲学研究的层次过程，在洋葱模型的指导下，完成各层次的研究工作，才不会漏掉某一过程导致论文严谨性不足。